Датой отсчета истории факультета принято считать 1971 г. – год создания механико-технологического факультета (приказ по Костромскому технологическому институту № 269 от 7 июня 1971 г. за подписью ректора КТИ, профессора Николая Николаевича Суслова).
В 1997 г. механико-технологический факультет был переименован в факультет автоматизированных систем и технологий.
В состав факультета первоначально входили кафедры: первичной обработки лубяных волокон; сушки, отопления и вентиляции; электротехники и автоматизации производственных процессов; теплотехники; физики.
Первым деканом был назначен Александр Михайлович Ипатов, заместителем декана – Борис Павлович Комаров. С момента образования факультета деканами были: доцент Александр Михайлович Ипатов (1971–1972) доцент Валерий Павлович Благовещенский (1972–1975); доцент Николай Константинович Сорокин (1975–1979); профессор Владимир Георгиевич Дроздов (1979–н.в.).
Заместителями декана работали: доцент Борис Павлович Комаров (1971–1989); доцент Альберт Климентьевич Пальмов (1989–1999); доцент Владимир Михайлович Каравайков (1999–2003); доцент Галина Михайловна Попова (2003 – н.в.)
До 1974 г. на факультете осуществлялась подготовка специалистов по технологической специальности «Первичная обработка волокнистых материалов», а с 1974 по 1992 г. по специальности 0568П «Машины и аппараты текстильной промышленности» (специализация «Первичная обработка волокнистых материалов»).
В 1992 г. было принято решение об открытии специальности 260701 «Технология и оборудование производства натуральных волокон». Сейчас ФАСТ является головным в Российской Федерации факультетом по подготовке инженеров этой специальности. В дальнейшем в разные годы были открыты специализации: 260701.01 «Технология и оборудование автоматизированных процессов»; 260701.02 «Технико-экономическое обеспечение производства»; 260701.03 «Инженерная защита окружающей среды»; 260701.04 «Коммунальные системы при производстве натуральных волокон». Инженеров по специальности 260701 выпускает кафедра технологии производства льняного волокна (заведующий кафедрой профессор Е.Л. Пашин).
На фотографии слева направо представлены: Дроздов В.Г., Сорокин Н.К., Комаров Б.П., Благовещенский В.П., Ипатов А.М.
Важным моментом в истории факультета является открытие новых специальностей. В 1990 г. была открыта специальность 220301 «Автоматизация технологических процессов и производств». Новая кафедра автоматики и микропроцессорной техники (заведующий кафедрой профессор Б.А.Староверов) провела значительную работу по созданию новых лабораторий. До 2004 г. подготовка инженеров велась по специализации 220301.33 «Компьютерные системы управления в производстве и бизнесе». В 2004 г. началась подготовка специалистов по новой специализации 220301.42 «Автоматизация промышленных теплоэнергетических процессов». В 2006 г. осуществлен первый набор будущих инженеров по специализации 220301.05 «Автоматизация технологических процессов и производств в газовой промышленности».
В 1994 г. открыта новая для КТИ специальность 230104 «Системы автоматизированного проектирования», а затем в 1998 г. – специальность 230201 «Информационные системы и технологии». Базовой по этим специальностям явилась созданная в 1989 г. кафедра вычислительной техники (заведующие кафедрой: доцент М.И. Глинер (1989-1990), доцент О.Ю. Толстов (1991-1994), профессор М.Г.Левин (1995-31.08.2007), профессор В.Н. Шведенко (01.09.2007-н.в)). В 2008 г. кафедра ВТ была переименована в кафедру информационных технологий.
В 2008 г. открыта специальность 230203 «Информационные технологии в дизайне», а в 2010 г. объявлен набор студентов на специальность 090104 «Комплексная защита объектов информатизации».
В 2013 г. на факультете началась подготовка бакалавров по направлению «Прикладная информатика в юриспруденции».
В 2014 г. кафедра информационных технологий была переименована в кафедру информационных технологий и защиты информации.