Кафедра истории имеет длительную историю развития. Первоначально исторические кафедры существовали в двух ВУЗах с момента их создания – Костромском государственном технологическом (текстильном) институте и Костромском государственном педагогическом институте. В педагогическом институте существовало три кафедры – Всеобщей истории, Истории СССР, История КПСС. В конце ХХ века оба костромских вуза приобрели статус университета. Произошли изменения и в содержании работы кафедр, что не могло не отразиться в названиях кафедр и направлениях их деятельности. В КГТУ это была создана объединенная кафедра истории и философии, в КГУ напротив, произошло увеличение количества кафедр – кафедра всемирной истории, кафедра отечественной истории до ХХ в., кафедра отечественной истории ХХ в., кафедра историографии и источниковедения.
В начале XXI в. на историческом факультете Костромского государственного университета им. Н.А. Некрасова произошло укрупнение кафедр и созданы две кафедры – Отечественной истории и Всемирной истории и историографии. Кафедра истории России была создана в 2005 г. на базе двух существовавших ранее кафедр – новейшей истории России и средневековой и новой истории России. Кафедра всемирной истории и историографии начала свою деятельность в 2002 году. Кафедра теории и культуры была создана в 1991 году (зав. каф. – к.ф.н., профессор В.С. Панин). С 1997 года на эту должность была избрана в то время еще к.ф.н., доцент И.А. Едошина. В 2001 году в связи с реорганизацией преподавания дисциплин социально-гуманитарного цикла кафедра вошла в состав кафедры философии и политологии. 1 сентября 2004 года в связи с открытием на факультете иностранных языков специальности «Теория и методика преподавания иностранных языков и культур» была создана кафедра теории и истории культур (зав. каф. – доктор культурологии, профессор И.А. Едошина.)
Кафедра истории создана в 2015 году в результате реорганизации кафедр истории России (зав. каф. – к.и.н., доцент А.Д. Шипилов), всемирной истории и историографии (зав. каф. – к.и.н., доцент Т.И. Нигметзянов) и кафедры теории истории и культуры (зав. каф. – доктор культурологии И.А. Едошина).
После создания опорного университета в его рамках функционирует одна кафедра – кафедра истории, объединившая профессорско-преподавательский состав всех исторических кафедр КГТУ и КГУ им. Н.А. Некрасова.