Кафедра прикладной математики и информационных технологий была образована на физико-математическом факультете 1 июля 2013 г. путем объединения кафедры прикладной математики и информатики и кафедры информатики и вычислительной математики. Кафедра является выпускающей по направлению «Прикладная математика и информатика» (уровни бакалавриат и магистратура).
Кафедра информатики и вычислительной математики создана 24 октября 1988 года на базе преподавателей кафедры математического анализа как общеинститутская кафедра. Ее основным назначением было обеспечение преподавания курсов информатики и информационных технологий на всех специальностях Костромского педагогического института им.Н.А.Некрасова. Кроме того, преподаватели кафедры активно внедряли новые информационные технологии в учебный процесс и деятельность административных подразделений вуза. Проводились учебные занятия по компьютерным технологиям для преподавателей и сотрудников, для учителей школ, разрабатывалось программное обеспечение и методика его использования. В рамках хоздоговорных работ велась работа по внедрению программного обеспечения в школы г.Костромы и области (Шарья, Поназырево, Павино).
В состав кафедры вошла вычислительная лаборатория, объединяющая несколько компьютерных классов. Парк ЭВМ кафедры постоянно обновляется от первых ПК с командным интерфейсом (Ямаха, Электроника УКНЦ) до современных IBM-совместимых компьютеров.
Достижением кафедры является открытие самых рейтинговых специальностей на физико-математическом факультете «Информатика с дополнительной специальностью математика» (1997 год) и «Прикладная математика и информатика» (2002 год). Преподавателями кафедры разработаны учебные планы и рабочие программы по базовым дисциплинам новых специальностей.
Кафедра прикладной математики и информатики была образована на физико-математическом факультете 1 декабря 2006 г. приказом №1392 о/д от 27 ноября 2006 года ректора КГУ им. Н.А.Некрасова проф. Рассадина Н.М. для обеспечения подготовки и выпуска студентов специальности 010200 «Прикладная математика и информатика». Преподаватели кафедры прикладной математики и информатики были выделены из кафедры информатики и вычислительной математики.
29-30 января 2007 г. на базе кафедры и физико-математического факультета было проведено заседание президиума УМС по специальности 010200 «Прикладная математика и информатика» под руководством председателя УМС по прикладной математике и информатике, УМО по классическому университетскому образованию, академика РАН, профессора Моисеева Е.И., в ходе которого была одобрена деятельность кафедры и факультета в подготовке студентов данной специальности.
С 2007 года кафедра активно сотрудничает с Академией информатизации образования, принимая участие в конференциях Академии. Часть преподавателей становятся членами этой Академии (действительный член Академии информатизации образования Секованов В.С., член- корреспонденты Академии: Ивков В.А., Леготин Д.Л., Сухов А.К.). В 2010 году Академия информатизации образования совместно с кафедрой проводила в г.Костроме международную научно-методическую конференцию «Информатизация образования 2010», на которой собрались ведущие ученые в области преподавания и развития информационных технологий.
В 2010 году преподавателями кафедры при участии профессора Сухомлина В.А., зав.лабораторией открытых информационных технологий факультета ВМИК МГУ, была разработана образовательная программа «Фундаментальная информатика и информационные технологии», и даже был объявлен набор на это направление.
Преподаватели кафедры активно работают в научном плане. 26 октября 2007 г. проф. Секованов В.С. защитил докторскую диссертацию «Обучение фрактальной геометрии как средство формирования креативности студентов физико-математических специальностей университетов» в Московском государственном педагогическом университете. 18 июля 2008 года президиум ВАК России присудил Секованову В.С. ученую степень доктора наук. В данной диссертации разработана методика преподавания фрактальной геометрии и теории хаоса для студентов специальности «Прикладная математика и информатика». Профессором В.С. Сековановым изданы два учебных пособия «Элементы теории фрактальных множеств», с грифом УМО для специальности «Прикладная математика и информатика». В 2011 и 2016 гг. кафедрой были организованы международные научно-методические конференции «Преподавание фрактальной геометрии и информатики в вузе и школе в свете идей академика А.Н.Колмогорова».
В настоящее время кафедра является постоянно развивающейся структурой, обеспечивающей запросы на преподавание дисциплин информационного цикла на различных направлениях обновленного университета, а также преподаватели кафедры обеспечивают преподавание дисциплин основного направления: численные методы, методы оптимизации, теория игр и исследование операций, компьютерное моделирование, прикладная статистика, программирование на различных языках (С/С++, pascal, java, prolog), информационные курсы: архитектура ЭВМ, прикладное программное обеспечение, компьютерные сети, базы данных и др.
Ежегодно при активном участии доцента Козырева С.Б. проводятся городские олимпиады по информатике среди школьников и студентов. Доцент Сухов А.К. с 1998 г. является бессменным председателем экспертной комиссии секции "Математика, физика и информационные технологии" в Областной научной конференции школьников и студентов "Шаг в будущее".
Курируемое кафедрой направление «Прикладная математика и информатика» на сегодняшний день является самым рейтинговым из всех IT-направлений вуза (конкурс более 10 человек на 1 место). Студенты направления выполняют курсовые работы и ВКР, соответствующие современному уровню развития науки и технологий, успешно участвуют в олимпиадах по информатике и программированию, проходят практику в различных IT-организациях, публикуют статьи в научных изданиях.