Кафедра создана 16 января 1989 года. За время существования несколько раз меняла своё название, в связи с изменениями основных направлений учебной и научной деятельности:

1989 – 2009 гг – кафедра Вычислительной техники;

2009-2013 гг – кафедра Информационных технологий;

2013-2016  гг – кафедра  Информационных технологий и защиты информации;

2016 г. – по настоящее время – кафедра Защиты информации;

С апреля 2024 года кафедра Защиты информации вошла в состав Высшей ИТ-школы КГУ.

В 2010 году состоялся первый набор студентов на направление подготовки 10.03.01 Информационная безопасность.